Era Świętej Genezy. Rok 0011. Ludzkość straciła 2/3 populacji. 11 lat temu podczas Wielkiej Katastrofy lodowce Antarktydy uległy roztopieniu, co spowodowało globalną powódź. W Atlantydzie, o której uważano, że została zniszczona 12000 lat temu, odrodziła się rasa Upadłych Aniołów. Wysyłają oni swoje biomechaniczne "Mityczne Bestie", aby zbierały życiową energię ludzi z pozostałych miast. Ludzkość jakoś próbuje przetrwać tą rzeź, gdy "Chyży Magik" Fudo Gen wydobywa z dna morza niedaleko Krety, tak zwane Vectory, legendarne maszyny, które mogą dać ludzkości nową nadzieję. Z tych trzech pojazdów: Mars, Luna i Sol, pilotowanych przez trzech uzdolnionych ludzi, którzy posiadają "Element" do ich aktywacji, może powstać legendarny "Mechaniczny Anioł Aquarion".